哈利(柯林佛斯饰)提供了伊格西(泰隆艾格顿饰)一个改变人生困境的机会，要他去争取加入一个最高机密的情资组织─金士曼。要加入组织，伊格西必须通过一连串具挑战性又的，以证明具备金牌新血该有的所有能力；同时还必须克服在同侪中被边缘化的心理障碍。在此同时，哈利证试图要解开一些着名学者、科学家及明星的离奇事件，并着手他心目中的头号嫌疑人范伦坦(山谬杰克森 饰)─一位科技业的亿万富翁，同时也是位理想幻灭的生态运动者，他不惜任何代价地球的渴望，却让他设计出了一个将会危害所有人类的计画。
泰勒基奇饰演海军军官哈波，布鲁克林黛珂饰演哈波的未婚妻珊珊，亚歷山柯斯嘉则饰演哈波的哥哥史东，蕾哈娜饰演哈波的队友蕾克丝上尉。连恩尼逊饰演海军上将史恩，他是哈波与史东的长官也是珊珊的父亲。浅野忠信则饰演日籍舰妙高号的指挥官，是哈波的竞争对手。科学家找到了一个条件近似地球的，并对之传送探勘讯号。未料，却从该星球引来急速前进的不明物体，并在人类毫无反应能力的情况下，殒落在夏威夷附近海域。而在太平洋上正举行一场浩大的美日联合军舰演习，几艘军舰与海中兀立的不明物体面面相覷。于是派遣军官哈波及蕾克丝上尉以探勘小艇趋近侦查，而一场危及人类存亡的军舰大战就此...
故事发生在唐老大（冯迪索）和布莱恩（保罗沃克）重获一年多后，他们摆脱的亡命生活，却发现这个家脱离现实。唐老大忙着和莉蒂（蜜雪儿罗卓奎兹 饰）重新培养感情，布莱恩则努力跟蜜雅（乔丹娜布鲁斯特 饰）和儿子适应郊区生活，泰吉（达克里斯 饰）和罗曼（泰瑞斯乔布森）倒是实现的梦想，洪晃照片大肆庆祝得来不易的。的是，他们都没发现危机伺伏。
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